El Departamento de Ciencias Básicas es una unidad académica dependiente de la Facultad de Ciencias que tiene como objetivo mantener un sistema de asignaturas comunes y básicas coordinadas a nivel nacional con el fin de garantizar a los estudiantes y unidades académicas de la Universidad una formación base homogénea y de calidad de acuerdo con estándares de acuerdo con los estándares de exigencia y calidad definidos por la Vicerrectoría Académica y la Facultad, utilizando las herramientas dispuestas para estos efectos (recursos digitales, equipamiento de laboratorios, recursos de biblioteca, entre otros).

Presente en todas las sedes de la Universidad Santo Tomás, esta unidad académica está a cargo de la docencia de las ciencias básicas en los primeros años de estudiantes de la Facultad de Salud, Facultad de Recursos Naturales y Medicina Veterinaria, Facultad de Economía y Negocios, Facultad de Ingeniería, y de la misma Facultad de Ciencias. Lo anterior significa que, a nivel nacional, el Departamento de Ciencias Básicas se preocupa de la formación básica de más de 4 mil estudiantes en sus primeros años de Universidad.

Acorde con el Proyecto Educativo de la Universidad Santo Tomás y el Modelo Educativo institucional, el Departamento de Ciencias Básicas cuenta con una serie de recursos para apoyar a los estudiantes que recién ingresan a la Universidad. Entre ellos destacan: las pruebas de diagnóstico, el taller de nivelación en matemática (denominado Taller de Razonamiento, Creatividad y Matemática), los recursos educativos digitales (RED) integrados a los programas de asignaturas del área matemática, biológica y química, y las guías de ejercicios contextualizados, entre otros.