En el Plan de Manejo de Bahía Lomas, las amenazas se definen como aquellas actividades humanas, políticas y/o contextos legales o administrativos que tienen un efecto directo o indirecto sobre los objetos de conservación que se identificaron en Bahía Lomas.

En este contexto, las principales amenazas corresponden a:

• Actividades que producen contaminación por hidrocarburos u otras sustancias químicas, afectando la calidad del agua y los sedimentos.
• Pérdida de hábitat por actividades mineras y ganaderas, generando alteraciones en el ecosistema por sobrepastoreo.
• Perturbación por actividad humana, tránsito de personas y vehículos en zonas sensibles puede alterar la fauna, especialmente las aves migratorias.
• Actividades asociadas con la administración y práctica de manejo del área (e.g. turismo no orientado hacia la conservación del sitio y acumulación de basura, entre otros).